MI At-Taqwa Bondowoso mendukung perkembangan siswa baik dalam keilmuan, keahlian dan seni, dukungan ini diaplikasikan dalam bentuk beberapa program ekstrakulikuler. Adapun bentuk-bentuk kegiatan ekstrakulikuler tersebut sangat bervariasi sebagai berikut :

1. Palang Merah Remaja (PMR)

Tujuan PMR adalah melatih peserta didik untuk mampu menanggulangi dan menolong dalam setiap kecelakaan yang ada di sekitar. Melatih praktik PPPK, mengembangkan jiwa sosial dan peduli kepada orang lain, mengembangkan sikap kerjasama, membiasakan hidup sehat melalui UKS, mengembangkan jiwa sosial dan peduli terhadap orang lain, membiasakan hidup sehat. sasaran dari kegiatan palang merah remaja ini kelas III – VI.

2. Pramuka

Pramuka adalah Sebagai wahana bagi peserta didik mengembangkan jiwa kepanduan, cinta tanah air, berorganisasi. Melatih peserta didik untuk terampil dan mandiri. Sasaran dari kegiatan pramuka ini adalah kelas III dan VI.

3. Seni Bela Diri Pencak Silat

Tujuan dari seni bela diri adalah  menumbuhkembangkan sifat percaya diri pada anak. memberikan bekal cinta perdamaian dan menghindari adanya penganiayaan, membiasakan hidup sehat. Sasaran dari kegiatan ini adalah kelas III dan VI.

4. Seni Baca Al-Qur’an

Seni baca Al-Qur’an adalah bertujuan untuk menghargai dan menghormati kitab sucinya, enumbuhkembangkan sifat cinta terhadap agama khusuanya pada kitab Suci Al-Qur’an, melestarikan budaya islami dengan tartil dan tilawah.Sasaran kegiatan ini adalah kelas III s.d  kelas VI.

5. Seni Musik (Qosidah)

Tujuan seni musik adalah melestarikan budaya Islam, memberikan bekal kecakapan hidup berupa seni qosidah, menumbuhkembangkan sifat cinta terhadap budaya Islam, sasaran dari kegiatan ini adalah kelas III s.d kelas VI.

6. Olimpiade Training Center

Kelas Olimpiade ini bertujuan untuk mempersiapkan peserta didik untuk menjadi tutor sebaya di kelasnya masing-masing, malatih memecahkan masalah yang berat, mempersiapkan siswa untuk mengikuti olimpiade yang diadakan pemerintah atau perguruan tinggi. Sasaran dari kegiatan ini adalah 45 siswa terpandai bidang kelompok mata pelajaran.

7. Olahraga

Bisa mengembangkan bakat peserta didik di bidang olah raga, membiasakan pola hidup sehat jasmani dan rohani. Sasaran dari kegiatan ini adalah kelas V s.d kelas VI. yang diprioritaskan bagi siswa disiplin waktu.

8. Tahfidzul qur’an

Bisa mengembangkan bakat peserta didik dalam bidang al quran, membentuk peserta didik yang cintaal- Qur’an. Sasaran dari kegiatan ini adalah siswa kelas I sampai dengan kelas VI

9. Seni Gambar

Mengenalkan siswa seni gambar yang baik, Melatih agar siswa dapat menggambar dengan baik dan rapi sesuai kaidah. Sasaran dari kegiatan ini adalah siswa kelas III s.d kelas VI.