Mengacu pada struktur kurikulum yang terdapat dalam Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 347 Tahun 2022 tentang Pedoman Implementasi Kurikulum Merdeka Pada Madrasah. Maka struktur kurikulum MI At Taqwa Bondowoso disusun berdasarkan standar kompetensi lulusan dan standar kompetensi mata pelajaran sebagai berikut:
